Датой образования факультета, предшественника Института, можно считать 19 июня 1930 года. В этот день на основании Постановления ЦИК и СНК СССР "О реорганизации высших учебных заведений, техникумов и рабочих факультетов" от 23 июня 1930 г. медицинский факультет МГУ был реорганизован в самостоятельный 1-й Московский медицинский институт. Изначально в его составе было два факультета: лечебно-профилактический (в последствии –лечебный) и новый, созданный впервые в истории мирового медицинского образования, санитарно-профилактический. В 1935 году последний был переименован в санитарно-гигиенический, а в 1992 г. – медико-профилактический. Перед факультетом были поставлены важнейшие задачи подготовки кадров санитарных врачей (гигиенистов и эпидемиологов) и развития профилактического направления в здравоохранении.
Огромная заслуга в организации и становлении санитарно-гигиенического факультета принадлежит таким выдающимся ученым-гигиенистам и организаторам здравоохранения, как Н.А. Семашко, А.В. Мольков, И.Д. Страшун, С.И. Каплун, А.В. Рейслер, К.С. Петровский, С.Н. Черкинский, П.М. Ивановский, З.И. Израэльсон, Е.М. Тареев и многим другим.